Nejvyšší správní soud se v rozsudku ze dne 10. července 2026, č. j. 21 As 49/2026‑34, zabýval otázkou, zda je po novele soudního řádu správního účinné od 1. ledna 2026 samostatně soudně přezkoumatelný úkon, jímž nadřízený orgán v přezkumném řízení zrušil dříve vydané souhlasné závazné stanovisko EIA.
Věc vzešla ze žaloby Ředitelství silnic a dálnic proti úkonu ministra životního prostředí ze dne 10. 12. 2025, jímž bylo podle § 149 odst. 8 správního řádu zrušeno souhlasné závazné stanovisko EIA k záměru „Silnice I/35 Turnov – Úlibice“. Městský soud v Praze žalobu odmítl s tím, že nejde o rozhodnutí podle § 65 odst. 1 poslední věty s. ř. s. ve znění účinném od 1. 1. 2026. Žalobce v kasační stížnosti namítal, že městský soud vyložil nově doplněnou větu § 65 odst. 1 s. ř. s. („za rozhodnutí se považuje také závazné stanovisko, které brání vydání povolení či souhlasu“) příliš restriktivně; rozhodující má být funkční účinek aktu, neboť po zrušení stanoviska EIA není k dispozici podklad, bez něhož nelze v navazujícím řízení povolení vydat.
Jádrem sporu byl výklad novely soudního řádu správního provedené zákonem č. 314/2025 Sb., která s účinností od 1. ledna 2026 rozšířila okruh samostatně soudem přezkoumatelných aktů o závazná stanoviska bránící vydání povolení či souhlasu. Před touto novelou platilo (rozsudek rozšířeného senátu ze dne 15. 12. 2020, č. j. 2 As 8/2018-76, č. 4139/2021 Sb. NSS), že úkon, jímž nadřízený orgán v přezkumném řízení zruší závazné stanovisko, není rozhodnutím ve smyslu § 65 s. ř. s. a je z přímého soudního přezkumu vyloučen.
Nejvyšší správní soud nynější kasační stížnost zamítl. Uznal, že novela má reálný normativní význam a nelze ji vykládat, jako by k žádné změně nedošlo. Zároveň však zdůraznil, že nová věta § 65 odst. 1 s. ř. s. nedopadá na všechna závazná stanoviska ani na všechny úkony s nimi související, nýbrž pouze na taková, která svým vlastním věcným obsahem brání vydání povolení. I kdyby se připustilo, že zrušující úkon má z hlediska soudního přezkumu povahu závazného stanoviska, je třeba dále posoudit, zda splňuje druhý znak, tj. zda brání vydání povolení či souhlasu. Tento znak podle soudu naplněn nebyl: rozhodné není, zda určitý úkon fakticky oddálí, zkomplikuje nebo dočasně znemožní vydání povolení, nýbrž zda jde o závazné stanovisko, jehož vlastní věcný obsah představuje právní překážku vydání povolení (typicky negativní stanovisko znemožňující vyhovět žádosti ve smyslu § 149 odst. 6 správního řádu).
Napadený úkon ministra takový obsah neměl. Neobsahoval věcný nesouhlas se záměrem, nekonstatoval, že záměr nelze z hlediska vlivů na životní prostředí povolit, nýbrž šlo o dozorčí prostředek, jímž bylo pro nezákonnost odklizeno dřívější souhlasné stanovisko a obnovena procesní situace před jeho vydáním. Nejvyšší správní soud přisvědčil žalobci, že po zrušení závazného stanoviska EIA chybí platný podklad pro povolení záměru a že tento úkon může mít vliv na možnost pokračovat v povolování záměru. Tento účinek však neplyne z věcného závěru, že záměr nelze povolit, nýbrž z procesní absence podkladu, který má být znovu opatřen. Opačný výklad by vedl k tomu, že by se za samostatně žalovatelné musely považovat i jiné procesní úkony s dočasným blokujícím účinkem (výzvy k doplnění podkladů, přerušení řízení, zrušení prvostupňového rozhodnutí odvolacím orgánem), což by odporovalo zásadě subsidiarity soudního přezkumu. Tento výklad soud opřel i o legislativní historii novely, podle níž jejím cílem bylo umožnit přezkum jen „proti negativním závazným stanoviskům“.
Nejvyšší správní soud rovněž odmítl námitku odepření soudní ochrany. Zdůraznil, že soudní ochrana žalobce není vyloučena, pouze odložena: bude-li řízení o povolení záměru v budoucnu ukončeno rozhodnutím postaveným na absenci závazného stanoviska EIA (např. zastavením řízení), bude se žalobce moci bránit žalobou proti tomuto rozhodnutí a v jejím rámci k žalobní námitce podle § 75 odst. 2 s. ř. s. napadnout i zákonnost zrušujícího úkonu ministra, který soud případně zruší samostatným výrokem. Případně přicházejí v úvahu žaloba na ochranu proti nečinnosti či zásahová žaloba pro nevydání nového závazného stanoviska EIA. Tento model časového odsunu (nikoli vyloučení) soudního přezkumu je podle ustálené judikatury Ústavního soudu ústavně konformní.
Soud přitom výslovně nechal otevřenou otázku, zda a za jakých podmínek může být po 1. lednu 2026 samostatně přezkoumatelné nesouhlasné stanovisko EIA, stanovisko obsahující podmínky fakticky znemožňující realizaci záměru, nebo úkon měnící původně souhlasné stanovisko na nesouhlasné. K námitce nerovného postavení žadatele, jemuž bylo vydáno nesouhlasné stanovisko (napadnutelné přímo), oproti žadateli, jemuž bylo souhlasné stanovisko zrušeno, Nejvyšší správní soud uvedl, že odlišné procesní zacházení má racionální důvod spočívající ve funkci, obsahu a procesní finalitě aktu, nikoli v jeho formálním označení. Ekonomické a organizační dopady zrušení stanoviska (náklady na projektovou přípravu, harmonogram) soud neoznačil za bezvýznamné, avšak konstatoval, že mohou být podstatné až při budoucím posouzení zákonnosti samotného zrušení stanoviska z hlediska ochrany dobré víry a proporcionality, nikoli pro určení, zda je napadený úkon samostatně žalovatelný.
Rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 10. 7. 2026, č. j. 21 As 49/2026-34, je dostupný zde.